Το Πρωτάθλημα Β' Κατηγορίας περιόδου 1965 - 1966 έγινε με τη συμμετοχή 11 ομάδων σε δύο ομίλους.

Στον όμιλο Λευκωσίας - Κερύνειας - Αμμοχώστου - Λάρνακας συμμετείχαν ΕΝ Παραλιμνίου, Ένωσις - Κεραυνός, ΑΕΚ Αμμοχώστου, ΕΝΑΔ Αγίου Δομετίου, Ορφέας Λευκωσίας και Αναγέννηση Δερύνειας. Πρώτη τερμάτισε η Ένωσις Κεραυνός.

Στον όμιλο Λεμεσού - Πάφου συμμετείχαν Αρίων Λεμεσού, ΑΠΟΠ Πάφου, Ευαγόρας Πάφου, ΕΠΑΛ Λεμεσού και Εθνικός Αστέρας Λεμεσού. Πρώτος τερμάτισε ο ΑΠΟΠ.

Στους αγώνες μπαράζ πρωταθλητής αναδείχτηκε ο ΑΠΟΠ Πάφου αφού νίκησε και στους δύο αγώνες την Ένωση - Κεραυνός με 3-1 και 4-2.