Η καταγραφή της ιστορίας του Πρωταθλήματος Νέων συνεχίζεται με την ποδοσφαιρική περίοδο 1998 – 1999.
Η ΑΕΛ κατέκτησε τον τίτλο με απολογισμό 68 βαθμούς. Οι πρωταθλητές ολοκλήρωσαν τη χρονιά με ισοπαλία 2-2 με αντίπαλο τον Απόλλωνα.
Ήταν ο δεύτερος συνεχόμενος τίτλος για την ΑΕΛ.
Στη δεύτερη θέση της κατάταξης τερμάτισε ο ΑΠΕΟΛ με 63 βαθμούς που στο φινάλε νίκησε εκτός έδρας με 9-0 την ΕΝ Παραλιμνίου.
ΤΕΛΙΚΗ ΒΑΘΜΟΛΟΓΙΑ
| 1. | ΑΕΛ | 86-18 | 68 |
| 2. | ΑΠΟΕΛ | 90-24 | 63 |
| 3. | Ομόνοια | 84-25 | 57 |
| 4. | ΑΕΚ | 69-36 | 54 |
| 5. | Απόλλωνας | 77-38 | 45 |
| 6. | Εθνικός Άχνας | 63-40 | 45 |
| 7. | Ανόρθωση | 49-52 | 40 |
| 8. | ΕΝ Παραλιμνίου | 69-66 | 30 |
| 9. | Νέα Σαλαμίνα | 45-67 | 29 |
| 10. | Άρης | 45-60 | 27 |
| 11. | Αλκή | 40-88 | 23 |
| 12. | Ολυμπιακός | 38-76 | 19 |
| 13. | Ευαγόρας | 24-68 | 18 |
| 14. | Δόξα Κατωκοπιάς | 15-136 | 3 |
