Το πρώτο Πρωτάθλημα διοργανώθηκε από την ΚΟΠ την περίοδο 1999-2000 με τη συμμετοχή εννέα ομάδων.
Τον τίτλο κατέκτησε ο Σπάρτακος Λεμεσού, στη δεύτερη θέση τερμάτισε ο Λένας Παλλουριώτισας και στην τρίτη θέση η Αραράτ.
Η καταγραφή της ιστορίας του Πρωταθλήματος Futsal γίνεται από το αρχείο της ΚΟΠ αλλά και από δημοσιεύματα της εποχής.
Το Πρωτάθλημα άρχισε στις 25 Νοεμβρίου 1999 και ολοκληρώθηκε στις 6 Απριλίου 2000.
Εκτός από τις τρεις ομάδες που αναφέρονται πιο πάνω, έλαβαν επίσης μέρος:
GC School, ΚΝ Αγίας Μαρίνας Πάφου, Red Devil Piacere, Cyprus College, ΚΝ Ανθούπολης και Αετός Γαλάτας.
Μετά την ολοκλήρωση της πρώτης φάσης, οι τέσσερις πρώτες ομάδες της κατάταξης αναμετρήθηκαν στα Play – offs σε μονούς αγώνες όπου ο Λένας νίκησε με 6-3 το GC School και ο Σπάρτακος εκτός έδρας με 4-3 την Αραράτ.
Στον τελικό που έγινε στις 6 Απριλίου στο Μελκονιάν ο Σπάρτακος νίκησε με 7-5 τον Λένα και κατέκτησε τον τίτλο.
Ο Λένας προηγήθηκε με 2-0 με Τούτιτς και Μάριο Χαραλάμπους και ο Σπάρτακος πριν τη λήξη του ημιχρόνου ισοφάρισε με Αγαθοκλέους και Λευκαρίτη.
Στο δεύτερο ημίχρονο ο αγώνας συνέχισε να είναι συναρπαστικός και μετά το 5-5 οδηγήθηκε στην παράταση. Στην πεντάλεπτη παράταση ο Λοϊζος Λευκαρίτης πέτυχε δύο τέρματα και διαμόρφωσε το 7-5 για τον Σπάρτακο, που είχε για προπονητή - παίκτη τον Αγαθοκλή Αγαθοκλέους, ποθ αναδείχτηκε και MVP της τελικής φάσης.
Στον μικρό τελικό που προηγήθηκε η Αραράτ νίκησε με 6-3 το GC School.
