Στη δεύτερη φάση θα λάβουν μέρος οι ακόλουθες 16 ομάδες:
Ανόρθωση, Ολυμπιακός, Ομόνοια Λευκωσίας, ΑΕΛ, ΠΑΕΕΚ, Ερμής Αραδίππου, ΠΟ Ξυλοτύμπου, Καρμιώτισσα Πολεμιδιών, Ονήσιλος Σωτήρας, ΑΕΚ, ΑΠΟΕΛ, Απόλλων, Πάφος FC, Δόξα Κατωκοπιάς, Εθνικός Άχνας, Ένωση Νέων Παραλιμνίου.
Θα τοποθετηθούν όλες οι ομάδες σε μια κληρωτίδα και θα γίνει ελεύθερη κλήρωση. Οι αγώνες σε αυτή τη φάση θα είναι διπλοί.