Η καταγραφή της ιστορίας του Πρωταθλήματος Νέων Α' Κατηγορίας συνεχίζεται με την ποδοσφαιρική περίοδο 1999 - 2000.
Τα στοιχεία προέρχονται από το αρχείο της Κυπριακής Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου.
Το Πρωτάθλημα έγινε με τη συμμετοχή 14 ομάδων και η Ομόνοια Λευκωσίας κατέκτησε τον τίτλο με απολογισμό 69 βαθμούς, 14 περισσότερους από τη δεύτερη της κατάταξης ΑΕΚ.
Η Ομόνοια ξεπέρασε τα 100 τέρματα (102) και ανέδειξε και την καλύτερη επιθετική γραμμή του Πρωταθλήματος και είναι χαρακτηριστικό πως σκόραρε και στους 26 αγώνες της.
Συνοπτικά τα αποτελέσματα της πρωταθλήτριας ομάδας:
Με ΑΕΚ: 1-2 και 1-0
Με ΑΕΛ: 1-0 και 4-0
Με Αλκή: 5-0 και 11-1
Με Ανόρθωση: 3-2 και 2-0
Με ΑΠΟΕΛ: 1-0 και 8-1
Με Απόλλων: 1-3 και 3-1
Με ΑΠΟΠ: 4-0 και 4-0
Με Αναγέννηση Δερύνειας: 5-0 και 3-0
Με Εθνικό Άχνας: 3-2 και 2-1
Με ΕΝ Παραλιμνίου: 1-2 και 5-0
Με Εθνικό Άσσιας: 7-1 και 6-0
Με Νέα Σαλαμίνα: 6-2 και 1-0
Με Ολυμπιακό: 10-1 και 4-3
